днк вко glob что значит
Помогите расшифровать результаты анализов
Здравствуйте. Обратилась к гинекологу со следующими жалобами:зуд и жжение,дискомфорт при мочеиспускании,сопровождается выделениями. Обостряется перед менструацией,иногда после полового акта.
Используемый метод контрацепции:КОК.
Помогите,пожалуйста,расшифровать результаты. Что это может быть (предполагалась молочница)? Нужно ли сдать что-то еще?
В обычном мазке норма.
Был сдан мазок на цитологию и флороценоз.
Флороценоз
Количество ДНК глобинового гена 5.74*10**6
Диагностика бактериального вагиноза
ДНК Bacteria 1.00*10**8
ДНК Lactobacillus spp.6.81*10**7
ДНК Gardnerella vaginalis 4.30*10**4
ДНК Atopobium vaginae 1.00*10**4
Диагностика аэробного вагинита
ДНК Enterobacteriaceae не обнаружено
ДНК Staphylococcus spp. не обнаружено
ДНК Streptococcus spp.
1.00*10**4
Диагностика инфекций, ассоциированных с условно-патогенными микоплазмами
ДНК Ureaplasma parvum 2.44*10**5
ДНК Ureaplasma urealyticum не обнаружено
ДНК Mycoplasma hominis не обнаружено
Диагностика кандидозного вульвовагинита
ДНК Candida albicans не обнаружено
ДНК Candida glabrata не обнаружено
ДНК Candida krusei не обнаружено
ДНК Candida parapsilosis tropicalis не обнаружено
Диагностика инфекций, передаваемых половым путём
ДНК Neisseria gonorrhoeae не обнаружено
ДНК Chlamydia trachomatis не обнаружено
ДНК Mycoplasma genitalium не обнаружено
ДНК Trichomonas vaginalis не обнаружено
Ученые обнаружили необычную способность COVID-19
Ученые из Массачусетского технологического института выяснили, что небольшие фрагменты генома коронавируса COVID-19 способны включаться в геном человека. Выводы американских ученых опубликованы на портале bioRxiv.
Для того чтобы проверить способность генома РНК SARS-CoV-2 интегрироваться в ДНК человеческих хромосом, исследователи добавили ген обратной транскриптазы (фермент, который превращает РНК в ДНК) в клетки человека, а затем культивировали сконструированные клетки с SARS-CoV-2.
В одном из экспериментов ученые использовали ген обратной транскриптазы из ВИЧ. Также они предоставили ген обратной транскриптазы с использованием последовательностей человеческого ДНК, известных как элементы LINE-1, которые являются остатками древних ретровирусных инфекций. В итоге клетки, которые вырабатывают любую форму фермента, сделали так, что некоторые фрагменты РНК SARS-CoV-2 были преобразованы в ДНК и интегрированы в хромосомы человека.
Вывод о способности фрагментов генома коронавируса включаться в геном человека объясняет такие случаи, когда уже переболевшие и не заразные люди получают положительный ПЦР-тест на инфекцию, отметили ученые. При этом пока неясно, на какой период коронавирус внедряется в клетки человека, как это делает ВИЧ, следует из исследования.
В начале декабря журнал Nature опубликовал статью о результатах исследования влияния генов на тяжесть течения коронавируса. Ученые изучили ДНК пациентов почти 200 отделений реанимации британских больниц, у которых был подтвержден коронавирус. Затем геномы попавших в реанимацию сравнили с геномами здоровых людей, чтобы выявить возможные различия. Исследование показало, что на тяжелое течение коронавируса может влиять ген TYK2, если у него есть дефект. Также отличия обнаружили в гене DPP9, который играет важную роль при воспалениях, и в гене OAS, препятствующем репликации вируса.
По данным Университета Джонса Хопкинса, общее число заболевших COVID-19 в мире составляет 75,7 млн человек, свыше 1,67 млн скончались. В России с начала эпидемии COVID-19, по данным оперативного штаба на 18 декабря, заболели 2,819 млн человек, за прошедшие сутки подтвердили 28,2 тыс. новых заражений.
Днк вко glob что значит
Поток информации, представленный по теме экспрессии генов, лучше всего рассмотреть на примере конкретного хорошо изученного гена, гена b-глобина. Цепь b-глобина представляет собой полипептид из 146 аминокислот, закодированный геном, занимающим приблизительно 1,6 килобазы в коротком плече хромосомы 11. Ген имеет три экзона и два нитрона. Ген b-глобина, а также другие гены этой группы транскрибируются в направлении от центромеры к теломере. Ориентация отличается у разных генов в геноме и зависит от того, на какой половине двойной спирали хромосомной ДНК находится кодирующая нить конкретного гена.
ДНК последовательность, необходимая для точной инициации транскрипции гена b-глобина, расположена в промоторе в пределах приблизительно 200 пар оснований выше стартового сайта транскрипции. Как упомянуто ранее, реально транскрибируется участок от 3′ до 5′-конца ДНК, служащий шаблоном, но соответствует и практически идентичен полученной РНК участок от 5′ до 3′-конца нити ДНК, за исключением того, что тимин заменен на урацил. По этой причине в научной литературе и базах данных гены обычно приводят по нити 5′-3′.
В соответствии с данным соглашением, полная последовательность приблизительно 2 килобаз хромосомы 11, включающая ген b-глобина. (Примечательно, что все эти нуклеотиды составляют только 0,000067% последовательности генома человека!) В этих 2 килобазах содержатся большинство, но не все элементы, требующиеся для кодирования и управления экспрессией гена бета-глобина.
Инициация транскрипции при синтезе бета-глобина
Промотор бета-глобина, подобно многим другим промоторам, состоит из серии сравнительно коротких функциональных элементов. Они взаимодействуют со специфическими белками (в целом называющимися факторами транскрипции), регулирующими транскрипцию и включающими, в случае гена глобина, те белки, которые ограничивают экспрессию этого гена эритроидными клетками (место синтеза гемоглобина). Одна важная последовательность промотора — блок TATA (ТАТА-бокс), консервативная область, богатая аденином и тимином и представленная приблизительно 25-30 парами оснований, расположенных выше стартовой точки транскрипции.
ТАТА-бокс важен для определения позиции инициатора транскрипции, располагающейся для гена бета-глобина приблизительно на 50 пар выше места начала трансляции. Таким образом, в этом гене присутствует примерно 50 пар оснований, которые транскрибируются, но не транслируются. В других генах 5′-нетранслируемая область может быть значительно больше и даже может прерываться одним или более нитронами. Второй консервативный участок, так называемый блок CAT (на самом деле — ССААТ), — небольшое количество пар оснований, расположенных дальше по ходу гена.
Значение этих элементов для нормальной экспрессии гена доказывает резкое уменьшение уровня транскрипции, вызванное как экспериментальными, так и естественно происходящими мутациями в любом из них, а также в других управляющих последовательностях, даже расположенных выше этой области. У пациентов с бета-талассемией найдено множество мутаций в этих управляющих элементах.
Не все промоторы генов содержат описанные два специфических элемента. В частности, гены, экс-прессирующие в большинстве или во всех тканях (так называемые гены домашнего хозяйства), часто не имеют CAT и ТАТА-боксов, более типичных для тканеспецифичных генов. Промоторы многих служебных генов часто содержат высокую пропорцию цитозина и гуанина по сравнению с окружающей ДНК. Такие CG-богатые промоторы часто расположены в областях генома, называемых CpG островками из-за необыкновенно высокой концентрации динуклеотида 5′-CG-3′, выделяющейся на фоне геномного пейзажа, в основном богатого AT.
Некоторые CG-богатые элементы, обнаруженные в таких промоторах, вероятно, служат точками прикрепления специфических факторов транскрипции. CpG-островки также важны как объекты модификации ДНК метилированием одного из атомов углерода в цитозине. Выраженное метилирование ДНК в CpG-островках обычно связано подавлением транскрипции гена. Этот тип инактивации гена обнаружен при многих видах рака и служит меткой нескольких важных регуляторов развития, например геномного импринтинга и инактивации Х-хромосомы.
Дополнительно к последовательностям, формирующим собственно промотор, существуют и другие элементы, которые могут значимо изменять эффективность транскрипции. Наиболее точно функцию активирующих последовательностей характеризует термин «энхансер» (от англ. enhance — усиливать). Энхансеры могут действовать, стимулируя транскрипцию гена, на расстоянии (часто несколько килобаз и более) от него. В отличие от промоторов, энхансеры не зависят ни от позиции, ни от ориентации, и могут располагаться как выше, так и ниже места начала транскрипции.
Элементы энхансера функционируют только в определенных типах клеток и, таким образом, совместно с другими факторами транскрипции устанавливают специфичность ткани или уровня экспрессии многих генов. В случае гена бета-глобина несколько тканеспецифичных энхансеров присутствуют как в пределах гена, так и в его фланговых областях. Взаимодействие энхансеров с конкретными белками приводит к повышению уровня транскрипции.
Для нормальной высокоуровневой экспрессии гена бета-глобина необходимо соответствующее хроматиновое окружение. В частности, необходимы удаленные последовательности, называемые локус-контролирующими областями (LCR) и расположенные выше гена бета-глобина. Как и следовало ожидать, мутации, нарушающие последовательности энхансера или локус-контролирующего участка, создают помехи или препятствуют экспрессии гена бета-глобина.
Сплайсинг РНК при синтезе бета-глобина
Первичная копия РНК гена бета-глобина содержит два интрона, приблизительно 100 и 850 базовых пар длиной, которые должны быть удалены. Этот процесс называется созреванием или сплайсингом (англ. splicing — сращивание). Процесс сплайсинга — точный и эффективный: 95% копий бета-глобина обрабатываются безошибочно, формируя функционирующую глобиновую мРНК. Реакции сплайсинга управляются специфическими последовательностями в первичной копии РНК как в 5′, так и в 3′-концах интронов.
5′-Последовательность состоит из девяти нуклеотидов, два из которых [динуклеотид GT (GU в РНК), расположенный в интроне рядом с точкой сплайсинга], фактически не отличаются у различных генов.
3′-Последовательность состоит примерно из десятка нуклеотидов, из которой опять же два, AG, расположенные сразу возле 5′-границы интрона и экзона, обязательны для нормального сплайсинга. Точки сплайсинга не имеют отношения к рамке считывания конкретной мРНК. В некоторых случаях, например у первого интрона гена бета-глобина, интрон действительно разделяется специфическим кодоном.
Медицинское значение сплайсинга РНК состоит в том, что мутации в консервативных последовательностях на границе интронов и экзонов обычно нарушают сплайсинг РНК, с уменьшением объема нормальной зрелой бета-глобиновой мРНК; мутации в упомянутых GT или AG динуклеотидах всегда нарушают нормальный сплайсинг в интроне, содержащем мутацию. Показательны мутации в точках сплайсинга, выявленные у пациентов с бета-талассемией.
Альтернативный сплайсинг при синтезе бета-глобина
Как мы только что обсудили, при сплайсинге нитроны удаляются из первичной копии РНК, а оставшиеся экзоны сращиваются вместе, что приводит к формированию зрелой мРНК. Тем не менее у многих генов первичная копия может проходить многочисленные альтернативные пути сплайсинга, ведущие к синтезу родственных, но все же различных мРНК, создающих различные белковые продукты.
Альтернативному сплайсингу подвергается по крайней мере треть всех генов человека. При этом считают, что на один ген в среднем приходится 2 или 3 альтернативные копии, что существенно расширяет информационное содержимое генома человека с его предполагаемыми 25 000 генов. Особенно впечатляющий пример представляет ген калиевого канала, мутации в котором приводят к наследственной форме эпилепсии. Ген имеет 35 экзонов, восемь из которых подвергаются альтернативному сплайсингу.
С этого гена могут быть получены более 500 различных мРНК, кодирующих каналы с различными функциональными свойствами.
Полиаденилирование при синтезе бета-глобина
Зрелая мРНК бета-глобина содержит на 3′-конце между стоп-кодоном и полиадениловым хвостом приблизительно 130 нетранслируемых пар оснований. Как и в других генах, расщепление 3′-конца мРНК и концевое прикрепление поли-(А)-последовательности управляется, по крайней мере частично, последовательностью из приблизительно 20 пар оснований AAUAAA перед точкой полиаденилирования.
Мутации в этой сигнальной последовательности у пациентов с бета-талассемией отражают ее значение для процесса расщепления и полиаденилирования 3′-конца мРНК.
Нетранслируемая последовательность 3′-конца у некоторых генов может быть очень длинной, вплоть до нескольких килобаз. Другие гены имеют множество альтернативных мест полиаденилирования, выбор между которыми может влиять на устойчивость результирующей мРНК и, таким образом, на относительный вклад каждого варианта мРНК.
Редактор: Искандер Милевски. Дата обновления публикации: 18.3.2021
Анализ уровня инфицированности вирусом папилломы человека населения Ростова-на-Дону
Ключевые слова: вирус папилломы человека, скрининг, вирусная нагрузка
In this study the detection frequency of human papilloma virus types with high carcinogenic risk among residents of was analyzed. The frequency of samples among women was 40%, among men — 21, 5%. Detection frequency of human papillomavirus was highest among young persons up to 35 years. More than 40% of persons had an average concentration of virus which may cause the cell dysplasia.
Keywords: human papillomavirus, screening
Введение
Вирус папилломы человека (ВПЧ) относится к семейству паповавирусов (Papovaviridae), группе Papillomavirus (HPV). ВПЧ является чисто эпителиотропным вирусом. Актуальность изучения папилломавирусной инфекции (ПВИ) определяется чрезвычайно высоким канцерогенным потенциалом ряда генотипов ВПЧ и является не только медицинской, но социальной демографической проблемой. В настоящее время выделено более 130 различных генотипов вируса, среди которых почти 30 были обнаружены в кондиломатозных, предраковых и раковых поражениях вульвы, влагалища и шейки матки [1]. Если многочисленные эпидемиологические исследования доказали безусловную роль ВПЧ в способности индуцировать неопластические процессы в шейке матки, то у мужчин роль ВПЧ как кофактора в формировании рака полового члена, предстательной железы и яичек дискутируется.
Цель исследования
Целью данной работы было изучение частоты регистрации вируса папилломы человека среди жителей в зависимости от пола.
Материал и методы
Материалом для исследования послужили образцы ДНК, полученные из эпителиальных клеток урогенитального тракта женщин и мужчин. Всего было исследовано 5655 образцов ДНК лиц женского пола и 3291 образец ДНК мужчин.
Для выделения ДНК использовали набор реагентов (производства АмплиСенс, Россия). Для выявления ВПЧ 11 онкогенно опасных типов (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 58, 59 и 67 типы) использовали «АмплиСенс ВПЧ ВКР скрин». Метод основан на одновременной амплификации () участков ДНК ВПЧ и участка β-глобинового гена, используемого в качестве эндогенного внутреннего контроля.
Результаты и обсуждение
Эпидемиологически выделяют «кожные», тропные к ороговевающему эпителию типы (в основном роды β и γ) и слизистые или аногенитальные (тропные к слизистым оболочкам) типы вируса (род α). С поражением урогенитального тракта ассоциируют 35 типов ВПЧ. По мере изучения ВПЧ выяснилось, что риск злокачественного перерождения связан с несколькими типами вируса (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 54, 56, 58, 59, 66, 68), которые обозначены как типы высокого онкогенного риска [2].
В настоящее время известно, что папилломавирусная инфекция передается преимущественно половым (с инфицированием сексуальных партнеров в 60%) [3] и путем, а также при проведении медицинских исследований, при прохождении плода через инфицированные родовые пути (с этим путем передачи связывают ювенильный папилломатоз гортани и рецидивирующий респираторный папилломатоз с кистозом легких у детей) [4].
По данным литературы инфицированность населения России и мира вирусом папилломы человека в целом составляет от 40 до 80% [3]. Однако инфицированность аногенитальными типами ВПЧ составляет 10–20%, в Москве — 16%, в Нижнем Новгороде — 33, 4% [5; 6].
Папилломавирусная инфекция поражает как женщин, так и мужчин, однако гормональных различий вероятность развития опухолей у мужчин гораздо ниже, чем у женщин. Тем не менее, мужчины в течение длительного времени могут быть носителями ВПЧ и передать вирус женщинам.
Генодиагностика папилломавирусной инфекции позволяет быстро с высокой чувствительностью и специфичностью выявлять этиологический фактор возможной патологии, определять группы риска по онкозаболеваниям урогенитального тракта и вовремя предотвратить не контролируемый рост инфекций в популяции.
Анализ данных скрининга на вирус папилломы человека показал, что частота проб среди женщин составила 40, 0%, среди мужчин — 21, 5%. При этом наибольшая частота инфицированных лиц как женского, так и мужского пола приходится на молодых людей до 35 лет. В этой возрастной группе более половины лиц являются носителями вируса папилломы человека. Наши данные соответствуют данным литературы, согласно которым пик выявления ВПЧ приходится на возрастные группы до 29 лет [5; 7], у которых отмечается наибольшая сексуальная активность и смена половых партнеров. Среди населения США 44, 8% инфицированных папилломавирусом — это лица в возрасте от 20 до 24 лет [8].
Самыми опасными типами ВПЧ являются 16 и 18 типы. Одновременное инфицирование данными типами ВПЧ обусловливает 70% случаев цервикального рака [3]. Частота выявления 16 и 18 типов вируса среди жителей представлена в таблице 1. Как видно из данных таблицы частота выявления вируса папилломы человека 16 и 18 типов среди лиц младше 20 лет составляет около 15%, и с возрастом снижается. Среди лиц старше 30 лет частота выявления самых опасных типов ВПЧ достоверно ниже по сравнению с более молодыми возрастными группами.
Однако в старших группах в силу возрастных изменений иммунитета и гормональных функций организма возможны проявления папилломавирусной инфекции и клеточная трансформация ракового характера. От заражения ВПЧ до развития предрака и рака шейки матки в среднем проходит 20 лет [9]. Более высокий риск () отмечается у женщин старше 30 лет, инфицированных типами ВПЧ высокого онкогенного риска, включая в первую очередь типы 16 и 18 [3].
Таблица 1 — Частота обнаружения вируса папилломы человека 16 и/или 18 типов в зависимости от возраста
Все под контролем! Правильный способ использования внутреннего контрольного образца (ВКО)
Повышение надежности ПЦР-тест-систем достигается, в том числе, за счет использования внутреннего контрольного образца (ВКО). Для повышения точности и достоверности результатов ПЦР-исследования и их однозначного толкования в лабораторной диагностике, так же, как и в научных экспериментах, используют ряд контрольных экспериментов (реакций). Помимо стандартных положительной и отрицательной контрольных реакций, в ПЦР-диагностике используют внутренний контрольный образец (ВКО). Использование ВКО основано на возможности проведения в одной реакционной смеси нескольких практически независимых реакций амплификации для разных фрагментов ДНК (мультиплексная ПЦР). Так, например, для контроля за эффективностью ПЦР можно использовать одновременное протекание двух реакций амплификации в одной пробирке. В одной из таких реакций происходит накопление целевого фрагмента ДНК (или кДНК), а в другой амплифицируется специально добавленная в реакцию ДНК (обычно это фрагмент плазмидной ДНК). С помощью ВКО, добавляемого в образец перед этапом пробоподготовки (очистки ДНК от примесей), можно проконтролировать эффективность всех этапов анализа.
Специалисты знают, что очень важным этапом разработки ПЦР-тест-системы является правильная разработка и использование ВКО (внутреннего контрольного образца).
В случае ОТ-ПЦР (ПЦР с предшествующей ей обратной транскрипцией) ВКО – это специально сконструированный препарат РНК (экзогенный внутренний контроль), добавленный к каждому исследуемому образцу на этапе пробоподготовки биологического материала или изначально содержащийся в биологическом материале (эндогенный внутренний контроль), который проходит через все стадии ПЦР-анализа. На этапе детекции результат амплификации ВКО позволяет судить о качестве результата при проведении ПЦР-анализа в целом. Хотя использование эндогенного внутреннего контроля – тоже вариант, все же лучше всего использовать экзогенный внутренний контроль – ВКО на основе РНК. Экзогенный внутренний контроль добавляется непосредственно перед выделением РНК, проходит все стадии и, если в результате ПЦР-анализа мы видим сигнал от ВКО, это свидетельствует о том, что результат анализа можно принимать во внимание. Если же сигнала нет, то результат анализа недействителен.
Современная тест-система без внутреннего контрольного образца – это абсурд. Тем не менее почти половина (!) зарегистрированных в России тест-системы для детекции COVID-19 (всего выдано 24 РУ) до сих пор не имеют ни экзогенного, ни эндогенного ВКО. Конечно, ранее в условиях внезапной пандемии и нехватки времени, это можно было оправдать. Однако теперь, спустя месяцы, появились современные тест-системы с РНК в качестве ВКО и, естественно, предпочтительнее использовать их. Некоторые разработчики пошли еще дальше. Так, ученые Санкт-Петербургского НИИ им. Пастера приложили все усилия, чтобы разработать тест-систему по всем правилам и мировым стандартам ПЦР-диагностики. В новейшей запатентованной и зарегистрированной тест-системе COVID-19 AMP и ВКО, и ПКО представляют собой специальные конструкции армированной (защищенной) РНК — взвесь псевдовирусных частиц на основе фага MS2, содержащих фрагменты РНК SARS-CoV-2, что позволяет практически со 100% вероятностью исключить ложноотрицательные и ложноположительные результаты.
Технология создания РНК-препарата на основе фага MS2 весьма сложна. Если кратко, то это специфичный фрагмент РНК-вируса (в данном случае вируса SARS-CoV-2), который вставляется в последовательность РНК фага MS2. Получается фрагмент вируса SARS-CoV-2, клонированного в MS2 фаге. Фаг, в свою очередь, защищает РНК от разрушения при взаимодействии с клиническим образцом, тем самым получается препарат армированной (защищенной) РНК коронавирусной инфекции. Этот метод используется во всем мире при разработке тест-систем на основе ОТ-ПЦР, в том числе для диагностики РНК-содержащих вирусов, к коим относится и новый коронавирус SARS-CoV-2.
Итак, при выборе тест-системы для ПЦР-диагностики COVID-19, безусловно, обращайте внимание на протоколы и убедитесь, что:
Ну, а если вы – потенциальный пациент, поинтересуйтесь в лаборатории, где вы собираетесь сдать анализ на ковидную инфекцию, какие реагенты использует лаборатория. Попросите инструкцию, прочитайте, не все так сложно. В конечном счете, спасение утопающих – дело рук самих утопающих. И это правило работает всегда!